標記の件につきまして、日本薬剤師会HPKI認証局より連絡がありました。
セカンド電子証明書の運用開始以降、パスワード誤入力により初期登録用QRが無効になるケースが多く発生しているとのことです。
つきましては、日本薬剤師会認証局ホームページ内に掲載されている「初期登録用QR利用マニュアル【PDF】」をご確認のうえ登録を行ってください。
また、初期登録用QRが無効となった場合の対応につきましても同ホームページ内に掲載されております。

日本薬剤師会認証局ホームページ

掲載場所：「薬剤師資格証とは(ｾｶﾝﾄﾞ電子証明書)」の中段「モバイルデバイス認証の利用開始方法について」の最初「初期登録用QRによる紐づけを行う」の辺り）